特務庁とは作中日本の行政機関の一つ。
共鳴についての研究や、共鳴者の保護、管理を行う内閣府の外局。

各省庁や、病院、児童養護施設、教育機関等、様々な組織と連携を取っている。
施設としては、本部庁舎が都内に一つあり、あとは各地に隠匿された分庁舎が点在している。
あくまで「庁舎(建物)」と言うだけで、組織図としては「特務庁」という一つに集約され、地方含め本州全体を直接管轄している。
各職員は様々な部署に配属され活動する。庁舎をオフィスや研究室的に活用し毎日登庁する人もいれば、表向きの身分を用いて普段は一般人として市井で暮らしていることもある。

• 能力者の発見・記録・保護・研究
• 能力者の生活に纏わる相談受付
• 能力絡みの事件事故(特異事象)の解決

長官 / 次長

共鳴者の管理を担当する部署。

特異事象の中でも、特に重要度の高いものに対する対処を行う課。
基本、本部庁舎で待機しており、特異事象が発生した地域へ課長の『転送』でもって急行する。
特務庁職員の中でもエリート中のエリート。
●主な所属人物
槻宮克倫(かつのり)（課長） 槻宮倫太郎（職員）

特異事象の対策を行う課。
各地に配属され、担当地域で生活しつつ巡視。
特異事象が発生した際は、小規模であれば対策課で解決。そうでない場合、執行課到着までの初期対応を行う。（執行課が現場に到着次第、執行課に引き継ぐ）
他、情報部や支援局と連携した能力者の生活環境向上、異能絡みの犯罪組織への潜入捜査等、活動内容は多岐に渡る。
「所轄の刑事」の様なイメージ。
●主な所属人物
林堂来栖（課長） 須藤章（職員） 白鳥徹(グレサン)（職員） 図地藤華（職員）

捜索課
未発見の共鳴者の捜索を行う課。
共鳴者は発現後なるべく早期に発見し、行政との繋がりを持たせる方が良い（放置は特異事象の原因になる）と言われており、地味だが重要な部署。

記録課
共鳴者、及び共鳴、特異事象等の記録を行う課。
人数が少ない。

秘匿課
異能の存在が公にならないよう、情報統制や記憶操作等を行う課。
特務庁内で一番忙しい部署と言われており、職員全員がインターネットとSNSの滅亡を祈っている。
●主な所属人物
言葉歩（職員）

共鳴者の支援を担当する部署。

能力を保有していることにより、一般的な生活が難しい能力者の保護を行う課。
児童養護施設や、全寮制の学園等も運営している。

市井に紛れる共鳴者の、日常生活に対する支援を行う課。
抑制剤の処方や消鳴石の着用確認、共鳴絡みの身体の不調の検査や必要な治療、労働が難しい共鳴者への生活支援、カウンセリングの実施等が代表的な業務。

各教授が研究室を持っており、そこに研究員が割り振られている形。
主には、「能力のメカニズム」や「nullの詳細の解明」や「活用法」、「抑制手段」等の研究が行われている。
●主な所属人物
花江奏良（教授）

一般公開されていない情報

「共鳴者の遺体（生体部品）」を用いた研究を行う際は、事前に本人や遺族の承諾を受ける必要があると共鳴者保護法により定められているが、犯罪組織の技術進歩に追い付くため、多少の違反行為を行ってでも研究を推し進めるべきだという過激派が一定数存在している。
「死者の尊厳を守るべき」とする保守派筆頭だった花江奏良の死後、過激派の動きはより一層激化しているとか。

特務庁の事務総務を担当する部署。
この部署に限り、所属が各分庁舎毎に明確に分かれている。

総務課etc…

総務課etc…

特務庁入庁希望者が通う3年制の訓練校。本部庁舎に併設されている。
基本高校卒業後の進学先にあたるが、飛び級して入学する人がいたり、逆にある程度年齢を重ねた人が入学してきたりがちらほらある。

教員の一部は特務庁職員を兼ねている。